Povesť NBÚ trpela aj vďaka riaditeľom ako František Blanárik či Jozef Magala. Prvý bol za socializmu spolupracovníkom vojenskej kontrarozviedky (obdoba ŠtB), pričom udával ľudí ako na bežiacom páse.
Druhý bol pred pôsobením v bezpečnostnom úrade šéfom tajnej služby. Ako blízky spolupracovník Roberta Fica sa postaral o to, aby sa nevyšetrovala kauza Gorila, v ktorej figuroval aj predseda Smeru.