V oblasti spravodlivosti sa vláde pod vedením ministra Daniela Lipšica podarila rekodifikácia Trestného zákona a Trestného poriadku..
V oblasti súdnictva reformy smerovali k odľahčeniu sudcov od administratívnej činnosti. Prvá fáza projektu „Súdny manažment“, ktorý bol vytvorený podľa švajčiarskeho modelu, prebiehala v rokoch 1999-2000, kedy bol vytvorený samotný projekt. V druhej fáze došlo k jeho realizácii.