V roku 2016 vládu znova zostavoval Smer a Pellegrini sa stal podpredsedom vlády pre investície a informatizáciu. Ficovou stranou, ktorá bola po rokoch pretkaná množstvom káuz, však dva roky po voľbách otriasla vražda investigatívneho novinára Jána Kuciaka a Martiny Kušnírovej. Tlak verejnosti bol obrovský a Smer musel pristúpiť k rekonštrukcii vlády. Pre Fica to znamenalo porážku – na poste premiéra ho v marci 2018 vystriedala jeho dvojka a pravá ruka Pellegrini, to nebol tlak verejnosti, ale zneužitie tejto vraždy na politické ciele opozíciou.