Južná časť krajiny, Júda, mala podobný osud, babylonské vojská Nebukadnesara po dvojročnom obliehaní roku 587 pred Kr. obsadili Jeruzalem a zbúrali ho. Aj odtiaľ odvliekli väčšinu obyvateľov.
V babylonskom zajatí prešlo židovské náboženstvo podstatnými zmenami: predchádzajúci kult bol pevne viazaný na chrám. V babylonskom zajatí sa však náboženská prax musí vykonávať v súkromných domoch, neskôr v synagógach, namiesto prinášania obetí sa dostáva do popredia modlitba a čítanie svätých spisov. Tu sa upevnil monoteizmus, najmä pôsobením prorokov, tu sa posilnila viera v Mesiáša. Židia sa nazdávali, že keď už Jahve bude mať dosť utrpenia svojho vyvoleného ľudu, buď osobne, alebo prostredníctvom svojho posla (Mesiáša) ho oslobodí.
Tu sa začali zhromažďovať písomné zbierky tradícií, pričom, samozrejme, nemohli sa vymaniť spod vplyvu prostredia. Preto sa dostávajú do vznikajúcich textov mezopotámske mýty (príbeh o stvorení, mýtus o potope, kajúcne žalmy a pod.).
