Luftwaffe získala MiGy-29 po zjednotení oboch nemeckých štátov v roku 1990. Boli používané najmä na rôzne testy a výcvik. Nad Stredozemným morom v blízkosti Korziky a Sardínie nacvičovali boje ako úvod operácie Púštna búrka. Nemecké MiGy-29 boli následne zaradené do 1. Staffel/Jagdgeschwader 73 na letisku Laage pri Rostocku. Počas prevádzky havaroval 25. mája 1996 jeden MiG-29 (29+09) v dôsledku chyby pilotáže, jedna „dvadsaťdeviatka“ bola dodaná do Spojených štátov. Začiatkom roku 2002 malo Nemecko 19 lietadiel MiG-29 a 4 MiG-29UB, ktoré boli všetky modernizované na štandard NATO. Sedem strojov potom prešlo ďalšou etapou modernizácie, ktorá umožnila inštaláciu prídavných nádrží pod krídlami a týkala sa tiež niektorých blokov radaru. V roku 2002 bola súčasne podpísaná zmluva s Poľskom o odpredaji všetkých 23 MiGov-29 za symbolickú cenu 1 euro.


