Už koncom roku 1948 sa začal proces s predstaviteľmi zahraničného odboja na čele s generálom Heliodorom Píkom. Generál Píka bol obvinený z velezrady, za skutočnú príčinu jeho odsúdenia sa považuje to, že vedel o osude tisícov československých občanov, ktorí ušli do ZSSR pred nacistami po r. 1938, trpiacich v sovietskych koncentračných táboroch. Bol popravený v júni 1949. V máji 1950 sa začal najväčší povojnový politický proces s dr. Miladou Horákovou a spol., v ktorom padlo 10 rozsudkov smrti a 48 doživotných trestov. Obvinení boli obžalovaní z toho, že v spolupráci so západom organizovali ozbrojený protištátny prevrat. V rokoch 1950-54 prebehla séria procesov s českými a slovenskými cirkevnými hodnostármi. Na Slovensku bol na dlhoročné ťažké väzenie odsúdený gréckokatolícky biskup Pavol Gojdič a rímskokatolícki biskupi Ján Vojtaššák a Michal Buzalka.