Najviac obetí si vyžiadali dve najväčšie inkvizíci, Episkopálna a Španielska. V Episkopálnej inkvizícii boli najaktívnejší hlavne dvaja inkvizítori - Bernard Gui a Jacques Fournier. Ten prvý vyšetroval 930 prípadov a odsúdených na smrť bolo 42, druhý vyšetroval 114 a popravených bolo 5, Celkovo sa odhaduje, že počas Episkopálnej inkvizície zahynulo asi 2.000 ľudí. V Španielskej inkvizícii bolo súdených asi 125.000 ľudí a popravených asi 2.250. Rovnaký zdroj uvádza, že počas viac ako 500 trvania inkvizície zahynulo asi 6000 ľudí.