Spalovanie vodika v spalovacom motore sice neprodukuje takmer ziadne COx, no produkuje NOx ako produkt pri spalovani vodika s vzduchom. Emisie NOx sa sice daju znizit takmer na nulu prisunom enormneho mnozstva vzduchu, no vtedy ma motor len cca polovicny vykon a musi bezat ken v optimalnych otackach..
Ak by sa vodiku ako okyslicovadlo dodaval cisty kyslik, (podobne ako v niektorych raketovych motoroch) emisie pri spalovani by boli takmer nulove no cena konstrukcie a prevadzky by bola enormne vysoka. Aj keby bol motor spalujuci vodik extremne dobre vyladeny, ze by mal male emisie pri spalovani, stale ostavaju emisie pri vyrobe vodika z fosilnych paliv, ktore su porovnatelne s emisiami pri spalovani fosilneho paliva. Vyroba vodika elektrolyzou z obnovitelnych zdrojov elektriny je sice emisne fajn, no cena jeho vyroby je trojnasobna, navyse preco z elektriny vyrabar vodik narocnou a drahou technologiou s velkymi stratami, ked sa da elektrina ovela efektivnejsie pouzit rovno na pohon BEV.