Igor, idem si kúpiť chlieb, ale mobil nechávam doma
V článku venovanom jeho osobe ÚPN k evidovanej spolupráci uvádza: „Táto informácia sa okamžite stala obrovskou senzáciou, pre mnohých však bola úplne nepochopiteľná. ŠtB zaevidovala Jána Budaja ako sledovanú osobu už na začiatku 70. rokov a väčšinu času bol v jej zoznamoch vedený v kategórii „nepriateľská osoba“. Jedno obdobie však bol preevidovaný do kategórie „tajný spolupracovník“. Zväzok a dokumenty, ktoré by mohli bližšie osvetliť jeho spoluprácu s ŠtB, sa v archívoch nenachádzajú a s najväčšou pravdepodobnosťou boli účelovo vytiahnuté spomedzi dokumentov ŠtB. Mnohé ďalšie dokumenty však poukazujú na skutočnosť, že Ján Budaj s ŠtB nikdy aktívne nespolupracoval.
V článku TASR, vydanom pri príležitosti 25. výročia novembra 1989, sa k spolupráci uvádza: „v roku 2007 sa v archívoch Ústavu pamäti národa našla oficiálna Správa ŠtB o činnosti za rok 1980, v ktorej sa konštatuje, že tajný spolupracovník, vedený pod menom Jána Budaja s ŠtB nespolupracoval, ale konal proti režimu...