Thaçi je podezírán z účasti na teroristických akcích uskutečněných v květnu roku 1993 v blízkosti města Glovac, kde údajně společně s dalšími čtyřmi spolupachateli přepadl a zabil dva a těžce zranil pět dalších členů policejní hlídky, která se skládala ze Srbů a Albánců. Druhá teroristická akce připisovaná Thaciho skupině byla provedena na silnici vedoucí z města Mitrovica směr Pec, kde byl jeden policejní důstojník zabit a druhý byl ze zálohy zraněn. Roku 1997 byl v Srbsku odsouzen na 10 let vězení. V březnu se stal Hashim Thaçi politickým velitelem Kosovské osvobozenecké armády, kde dostal přezdívku Gjarpëri („Had“). V roce 1998 zahájil tajná jednání s americkými vyjednavači, v kontaktu byl s tehdejší ministryní zahraniční věcí USA Madeleine Albrightovou. Díky těmto kontaktům si vysloužil označení „miláček Albrightové“.[4][5] V roce 1999 se účastnil vyjednávání v Rambouillet jako představitel kosovské delegace.


