Problémy železníc sa vlečú dlho. Už tradične bola pozícia železníc výrazne nevýhodnejšia v porovnaní s konkurenčnou cestnou doprava.
Železnice si totiž museli výstavbu a údržbu celej infraštruktúry financovať z vlastných zdrojov, kým konkurenčnú cestnú infraštruktúru budoval a udržiaval štát.
Medzinárodné finančné inštitúcie tento princíp podporovali.
Vlády SR dlhé roky neplnili dohody so ŽSR a nekryli jej straty za výkony vo verejnom záujme,ktoré si daná vláda objednala. To bola hlavná príčina katastrofálnej finančnej situácie ŽSR,
Problémy ŽSR, ktoré sama spôsobila, riešili jednotlivé vlády podľa klasických receptov finančných felčiarov – obmedzovaním dotácií.
Po škrte plánovaných dotácií koncom roka 1995 manažment železníc rozhodol kompenzovať túto stratu zrušením viac ako 400 vlakových spojov.Obdobná situácia nastala koncom roka 1997 a ďalšia vlna rušenia vlakových spojov prišla v máji 2000.Medzitým došlo k výraznému zvýšeniu cestovného a znižovaniu pracovníkov železníc.

