28. júna 2009 bol Manuel Zelaya zvrhnutý z úradu vojenským prevratom a unesený do Kostariky. V krajine bola ustanovená pravicová diktatúra pod vedením Roberta Michelettiho. Tento krok odsúdilo Valné zhromaždenie OSN aj Organizácia amerických štátov, ktorá pozastavila členstvo Hondurasu vo svojich radoch. Medzinárodné spoločenstvo uznáva za prezidenta Hondurasu Manuela Zelayu a požaduje jeho návrat k moci. V Hondurase prebiehajú od vojenského prevratu rozsiahle protesty obyvateľov požadujúce návrat prezidenta Zelayu, ktoré vládna moc potláča tvrdými represiami.