V r. 1918 sa stal vrchným veliteľom rakúsko-uhorského vojnového loďstva. V tejto funkcii mal podiel na potlačení vzbury kotorských námorníkov na čele s čechom Františkom Rašom, ktorý bol aj s ďaľšími vodcami neľútostne popravený. Viackrát sa tu vyskytlo, že Horthy bol ochranca židov, že za jeho vlády (1920 - 1944) neboli prenasledovaní. Opak je však pravdou. Už v roku 1919 armáda pod velením Horthyho umučila 6000 židov a „červených“ (pri potláčaní boľševickej Maďarskej republiky rád na čele s Bélom Kúnom /pôvodne Kohn/). Horthyho dôstojníci, podľa jeho slov „jeho najlepší ľudia“ (vyjadril sa tak pred delegáciou britských laburistov, ktorá prišla vyšetrovať tieto masakry) svoje obete pred smrťou okradli a podrobili beštiálnemu mučeniu - vypichovaniu očí, odrezaniu pohlavných orgánov či strkaniu bagandží do rozpáraného brucha... Na jeho priamy príkaz boli zastrelení a hodení do Dunaja novinári Béla Somogyi a Béla Bacsó, pre článok v novinách, ktorý ho pobúril.


