V dôsledku systémovej zmeny politického režimu v roku 1989 sa v oblasti vzťahov medzi štátom a
cirkvami a náboženskými spoločnosťami začali uplatňovať nové princípy,metódy apostupy, ktoré tento vzťah posunuli na kvalitatívne inú úroveň. V prvom rade cirkvám a náboženským spoločnostiam bolo prinavrátené ich autonómne a samosprávne postavenie v spoločnosti. Súčasťou, presnejšie povedané, podmienkou ich novozískaného sociálneho statusu sa stala reštitúcia cirkevného majetku a odstránenie komplexnej kontroly a dohľadu zo strany štátnych orgánov. Ich priama ekonomická väzba na štát však nebola v plnom rozsahu odstránená, pretože zákonná norma č. 218/1949Sb. aj napriek jej neskorším novelizáciám, týkajúcich sa zrušenia štátneho dozoru, odstránenia štátneho súhlasu s voľbou a menovaním duchovných a funkcionárov cirkví a pod.,ostala aj naďalej v platnosti


